Fiskus zmienił swoje podejście do stypendiów przyznawanych na podstawie ustawy o zasadach finansowania nauki. Do tej pory nie były one objęte zakresem zwolnienia ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Ministerstwo uważało, iż z PITu zwolnione są tylko stypendia, których podstawą prawną jest prawo o szkolnictwie wyższym. 
 
To zmieni się od stycznia 2013 roku. W interpretacji ogólnej ministerstwo finansów przychyliło się do stanowiska sądów i minister nauki. Stypendia dla młodych naukowców z ustawy o zasadach finansowania nauki zostały włączone do zakresu zwolnienia. Ta interpretacja została poprzedzona m.in. wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego. Orzeczenie NSA statuuje, iż minister nauki określając zasady przyznawania takich stypendiów spełnił warunki zwolnienia z ustawy o PIT. 
 
Rzeczpospolita, 17 grudnia 2012 r. 
 
 Wyrok NSA sygn. II FSK 2617/10 
Numer interpretacji ogólnej: DD3/033/100/CRS/12/DD-679