Reprezentanci krakowskich studentów uważają, iż „pojawiające się apele o usunięcie nauczycieli akademickich stanowi poważne zagrożenie dla wolności nauki i konstytucyjnie zagwarantowanej autonomii uczelni wyższych. To właśnie uniwersytety, będące miejsce swobodnej, wyważonej i merytorycznej debaty, wolnej od wszelkiego rodzaju nienawiści – stanowią jeden z najważniejszych fundamentów demokratycznego państwa prawa”.
Kontrowersje wzbudziła wypowiedz Longchamp de Berier na temat wrodzonych wad genetycznych, których ryzykiem wystąpienie są obarczone dzieci poczęte metodą in vitro – zdaniem księdza. Posłowie Ruchu Palikowa zapowiedzieli skierowanie petycje o usunięcie księdza z Uniwersytetu Jagiellońskiego a także Warszawskiego, gdzie pełni funkcje wykładowcy prawa rzymskiego.
Longchamps de Berier wypowiedział te zdanie jednak nie jako przedstawiciel uczelni lub wykładowca wspomnianych uczelni, lecz jako przedstawiciel Episkopatu Polski.