Ministerstwo nauki już od dłuższego czasu spiera się z ministrem finansów o wyłączenie części dochodów szkół wyższych spod rygorów ustawy o finansach publicznych. Argumentuje to faktem, iż uczelnie uzyskają możliwość bardziej swobodnego dysponowania środkami, które pozyskały np. z działalności gospodarczej, usług badawczych i specjalistycznych, darowizn, opłat za studia niestacjonarne itp. 

 
Władze uczelni nie musiałyby się rozliczać z uzyskanych w ten sposób środków i mogłyby prowadzić bardziej racjonalną politykę finansową. Szkoły wyższe mogłyby gromadzić środki np. na kontach bankowych i odkładać je przez lata, by na przykład wydać je na większe inwestycje. 
 
Zdaniem rektorów uczelni publicznych, taka zmiana niesie ze sobą także szereg zagrożeń. Jeżeli studia niestacjonarne zostaną wyłączone spod obowiązywania ustawy o finansach publicznych to może to oznaczać, iż staną się zadaniem niepublicznym. W konsekwencji „może się to wiązać z tym, że nie będzie można opłacać pensji wykładowców takich studiów z dotacji budżetowej”, powiedział cytowany przez Dziennik Gazetę prawną prof. Bogusław Fiedor, który jest przewodniczącym komisji do spraw ekonomicznych Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich.
 
Projekt ministerstwa nauki znajduje się na etapie konsultacji w Stałym Komitecie Rady Ministrów