Stypendium rektora zostało wprowadzone nowelizacją Prawa o szkolnictwie wyższym, która weszła w życie 1 października 2011 roku. Do tej pory podstawowym środkiem motywacyjnym było stypendium za wyniki w nauce, które było przyznawana odsetkowi najlepszych studentów na danym kierunku na podstawie średniej z ubiegłego roku. 

 
Wątpliwości i kontrowersje budzi zmiana przepisów umożliwiających otrzymywanie stypendium rektora na kolejnym kierunku – w wypadku posiadania tytułu magistra lub równorzędnego. Do  1 października 2011 roku można było pobierać stypendium za wyniki w nauce nawet po skończeniu jednego kierunku. Jednak nowelizacja taką możliwość wyłączyła. 
 
W obecnym stanie prawnym student w wypadku posiadania tytułu licencjata może pobierać stypendium rektora wyłącznie na studiach drugiego stopnia lub na jednolitych studiach magisterskich. Pobieranie stypendium zostało również ograniczone do trzech lat. 
 
Rzecznik Praw Obywatelskich wystąpił do Trybunału Konstytucyjnego o stwierdzenie niezgodności tych regulacji z konstytucją. Jeżeli stanowisko rzecznika zostanie uwzględnione – studenci będą mogli żądać wznowienia postępowania tj. procedury przyznania stypendium rektora. 

Źródło: Dziennik Gazeta Prawna, 22 marca 2013 r.