Sprawa ciągnie się od 2012 r., kiedy to przedstawiciele organizacji wystąpili o jego wpis do rejestru związków wyznaniowych, prowadzonego przez resort administracji. Ten odmówił, powołując się na ekspertyzę biegłych z Uniwersytetu Jagiellońskiego. Z opinii wynikało, że celem istnienia wspólnoty nie jest wyznawanie religii a parodiowanie innych wyznań, przede wszystkim zaś chrześcijaństwa. Religioznawcy ocenili również, że wystąpienie o oficjalny wpis do rejestru jest formą żartu, a związek - ze względu na brak cech religii - nie powinien być urzędowo usankcjonowany.
Powołując się na ekspertyzę, ministerstwo wydało decyzję odmowną, a 25 kwietnia 2013 r. potwierdziło ją w drugiej instancji. Od tego rozstrzygnięcia wnioskodawcy odwołali się do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego.
Sąd w kwietniu 2014 r. przyznał im rację -  zauważył, że ustawa określa zamknięty katalog powodów, z których można odmówić wpisu do rejestru, w tym przede wszystkim sprzeczność z przepisami  ustaw  chroniącymi  bezpieczeństwo  i  porządek  publiczny,  zdrowie,  moralność publiczną, władzę rodzicielską albo podstawowe prawa i wolności innych osób. Tymczasem jedynym, jaki wskazał organ, były braki formalne wniosku.
Pastafarianie ponownie zawnioskowali o rejestrację i jak poprzednio podjęto decyzję odmowną - sprawa trafiła do sądu, który tym razem przyznał rację resortowi.
Jak uzasadniał sąd, pastafarianie nadal mają prawo do wyznawania swojej wiary i nie może być mowy o złamaniu Konstytucji.