Choć obecnie tylko trzy uczelnie publiczne podległe ministrowi nauki objęte są programem naprawczym, w finansowych kłopotach jest już 38 uczelni. Ich łączna strata netto za ubiegły rok przekroczyła 91 mln zł. Przy czym pięć z tych szkół wyższych odpowiada za ponad 56 mln zł łącznych strat.
 
W 2011 r. uczelni na minusie było 20, rok wcześniej – 13. 
 
Według resortu nauki przyczyną pogarszania się sytuacji finansowej jest przede wszystkim spadek przychodów z działalności dydaktycznej. A to jest m.in. pochodną niżu demograficznego. Z analizy ministerstwa wynika, że przede wszystkim spadły wpływy z tytułu opłat za usługi edukacyjne – zmniejszyły się one aż o 137,5 mln zł w porównaniu z 2011 r.
 
Wśród szkół wyższych z deficytem są renomowane uniwersytety, m.in. Warszawski i Gdański.
 
Mimo finansowych kłopotów za wcześnie by mówić, że uczelniom grozi komisarz. Od ubiegłego roku może go wprowadzić minister nauki, gdy szkoła wyższa utrzymywana również z publicznych pieniędzy ma straty finansowe większe niż jedna czwarta dotacji z budżetu (bierze się pod uwagę straty netto z okresu nie dłuższego niż ostatnie pięć lat). Dotychczas żadna z uczelni nie była w takiej sytuacji.