Przyznana kwota odszkodowania nie została jednak powiększona o podatek od towarów i usług. Gmina zwróciła się do Ministra Finansów o udzielenie indywidualnej interpretacji prawa podatkowego. Zdaniem gminy odszkodowanie należało powiększyć o wartość VAT. Izba skarbowa odpowiadając na pytanie wyjaśniła, iż w sytuacji kiedy kwota odszkodowania jest jedynym wynagrodzeniem należnym wnioskodawcy, to stanowi ona kwotę należną zawierającą VAT.
WSA rozpatrując skargę przypomniał, iż zgodnie z przepisem art. 29 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług podstawą opodatkowania VAT jest obrót. Obrotem jest kwota należna z tytułu sprzedaży (w rozpatrywanej sprawie wywłaszczenia), pomniejszona o kwotę należnego podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy. Regulacja ta nie pozwala na uznanie, że "świadczenie należne od nabywcy" w stanie faktycznym sprawy obejmuje należność netto, która powinna zostać dodatkowo powiększona o VAT. Pojęcie sprzedaży użyte w tym przepisie należy rozumieć zgodnie z definicją ustawową, jako odpłatną dostawę towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju, eksport towarów oraz wewnątrzwspólnotową dostawę towarów (art. 2 pkt 22 ustawy o VAT). W powiązaniu z art. 7 pkt 1 ustawy o VAT, w sprawie za obrót należy uznać kwotę należną z tytułu wywłaszczenia tj. odszkodowanie pomniejszone następnie o kwotę należnego podatku, przed pomniejszeniem jest to kwota brutto. Treść art. 29 ust 1 ustawy o VAT daje ewidentne podstawy do uznania, że kwotą należną z tytułu przeniesienia z nakazu organu władzy publicznej własności nieruchomości w zamian za odszkodowanie jest kwota przyznanego odszkodowania ustalonego w reżimie administracyjnym.
Odnosząc się do kwestii, kiedy podatnik powinien wystawić fakturę VAT WSA uznał, że organ w spornej interpretacji stanął na stanowisku, że odpłatne wydanie towaru przeniesienie prawa do rozporządzenia nieruchomością jak właściciel) nastąpiło z dniem uprawomocnienia się decyzji ustalającej odszkodowanie za wywłaszczone nieruchomości, zatem fakturę należało wystawić nie później niż w 7 dniu, licząc od dnia wydania nieruchomości.