Orzecznictwo sądowe w tej kwestii jest zgodne. Przykładem może być wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 11 lipca 2007 r., sygn. akt III SA/Wa 782/07. W sprawie będącej przedmiotem rozpoznania sądu spółka złożyła wniosek o udzielenie wiążącej interpretacji podatkowej. Chciała wiedzieć, czy dochód osiągany z działalności polegającej na przygotowywaniu i realizacji dużych projektów finansowanych z funduszy strukturalnych i Funduszu Spójności korzysta ze zwolnienia z podatku dochodowego na mocy art. 17 ust. 1 pkt 23 ustawy z 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst. jedn. Dz.U. z 2000 r. Nr 54, poz. 654 z późn. zm., dalej jako: u.p.d.o.p.). Przedstawiając stan faktyczny sprawy spółka stwierdziła, że wykonuje prace na rzecz osób prawnych lub jednostek organizacyjnych nieposiadających osobowości prawnej, która jest finansowana ze środków bezzwrotnej pomocy. Spółka poinformowała, że realizuje siedem projektów finansowanych ze środków pomocowych i w każdym z projektów udział środków bezzwrotnej pomocy jest inny i określony procentowo - od 50 do 80% inwestycji. Środki pomocowe dla tych projektów zostały uzyskane dla każdego kontraktu z Funduszu Spójności lub z funduszu ISPA, na podstawie Memorandum Finansowego lub Decyzji Komisji Wspólnot Europejskich.

Według spółki, część dochodu uzyskanego z projektu, odpowiadająca procentowemu udziałowi środków pomocowych z UE, korzysta ze zwolnienia, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 23 u.p.d.o.p.

Organy podatkowe obu instancji uznały stanowisko spółki za nieprawidłowe. Ich zdaniem spółka jest jedynie wykonawcą projektu zleconego przez podmiot uprawniony do dysponowania środkami pomocowymi, a zatem nie spełnia kryteriów określonych dla beneficjenta końcowego. W ocenie organów podatkowych skoro spółka nie otrzymuje bezpośrednio środków finansowych z funduszy pomocowych ISPA i Funduszu Spójności i nie spełnia kryteriów określonych dla beneficjentów końcowych tych funduszy, nie przysługuje jej prawo do zwolnienia dochodów w rozumieniu art. 17 ust. 1 pkt 23 u.p.d.o.p., który jednoznacznie wskazuje osobę uprawnioną do uzyskania zwolnienia dochodu ze środków bezzwrotnej pomocy: są to tylko te podmioty, którym przyznana została pomoc (beneficjenci pomocy). Zwolnienie nie obejmuje zatem podmiotów, które - jak spółka - wykonują prace opłacane przez inny podmiot, który otrzymał środki finansowe z tytułu bezzwrotnej pomocy – podsumowały organy podatkowe.

Spółka złożyła skargę na decyzję dyrektora izby skarbowej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie. Podkreśliła w niej, że u.p.d.o.p. nie zawiera definicji zwrotu: „bezpośredni beneficjent”. Ustawa nie uzależnia bowiem zastosowania zwolnienia od tego, czy podatnik otrzymuje bezpośrednio te środki w ramach bezzwrotnej pomocy, lecz od tego, czy podatnik realizuje cel programu. W ocenie podatnika podmiotem korzystającym ze zwolnienia może być beneficjent takiej pomocy bądź bezpośredni wykonawca celu, jakiemu ma służyć taka pomoc, w zależności od tego, któremu z tych podmiotów ich dysponent przyznał środki. Według spółki zwolnienie zależy od wykazania przez podmiot, wykorzystujący takie środki, że uzyskuje on dochody z międzypaństwowych instytucji finansowych oraz od wykazania, jaka część jej dochodów stanowi dochód spełniający kryteria z art. 17 ust. 1 pkt 23 u.p.d.o.p. Spółka wskazała, że sposób przekazywania środków pomocowych jest różnorodny i zdarza się, że beneficjent, czy też bezpośredni wykonawca, części prac nie wykonuje sam lecz do ich wykonania wskazuje inny podmiot, osobę fizyczną lub prawną albo ich wykonanie powierza innemu podmiotowi - w tym swojemu pracownikowi. W takiej sytuacji należy przyjąć, że ten inny podmiot jest opłacany ze środków pomocowych, do którego stosuje się zwolnienie z art. 17 ust. 1 pkt 23 u.p.d.o.p. Podmiot ten powinien wykazać, że jego praca służy realizacji celu pomocy, zaś zapłata za wykonanie tych prac pochodzi ze środków pomocowych.

Sąd uznał skargę spółki za bezzasadną i ją oddalił. W uzasadnieniu wyroku sąd podkreślił, że zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 23 u.p.d.o.p. wolne od podatku są dochody uzyskane przez podatników od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych, pochodzące ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym także ze środków z programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami, organizacjami lub instytucjami przez Radę Ministrów Rzeczypospolitej Polskiej, właściwego ministra lub agencje rządowe; w tym również w przypadkach, gdy przekazanie tych środków jest dokonywane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej na rzecz podmiotów, którym służyć ma ta pomoc.
Jak wskazał sąd, w omawianej sprawie odbiorcami opisanej przez spółkę pomocy są - w sektorze środowiska - jednostki samorządu terytorialnego, związki jednostek samorządu, komunalne spółki prawa handlowego oraz inne podmioty publiczne - w sektorze transportu Generalna Dyrekcja Dróg Krajowych i Autostrad oraz PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. Podmioty te są więc beneficjentami pomocy, a jednocześnie stronami kontraktów zawieranych z wykonawcami projektów oraz ponoszą wydatki z tytułu prowadzonych inwestycji.

Jak podkreślił sąd, z treści art. 17 ust. 1 pkt 23 u.p.d.o.p. wynika, że prawo do zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych przysługuje jedynie podmiotom, którym bezpośrednio służy przekazana pomoc. Jeżeli natomiast bezpośredni beneficjent zleci wykonanie zadania, na które przeznaczone są bezzwrotne środki innemu wykonawcy, w tym również osobie fizycznej, to dochody osoby prawnej czy fizycznej, wykonującego zlecenie nie będą korzystać ze zwolnienia od podatku. Innymi słowy zwolnieniu od podatku dochodowego podlegają dochody ( pochodzące od wskazanego w przepisie podmiotu zagranicznego) uzyskane przez podatników, którym służyć ma ta pomoc a nie podmiotom, które wykonują prace, na którymkolwiek etapie, finansowane z tych środków.

Sąd nie zgodził się z poglądem spółki, że do skorzystania ze zwolnienia wystarczy „właściwe pochodzenie" środków finansowych, ponieważ oznaczałoby to objęcie tym zwolnieniem każdego etapu przesunięcia środków - niezależnie od realizowanego przez strony celu transakcji - a także wynagrodzeń pracowników stron, co jest niewskazane. Sąd zauważył, że przy interpretacji analizowanego przepisu, należy mieć na uwadze, że uzyskiwane środki mają służyć realizacji pomocy dla określonych podmiotów, a nie dla szeregu podmiotów, realizujących program, na który została przyznana pomoc.
Sąd podkreślił, że w omawianej sprawie to nie spółka otrzymała bezpośrednio środki finansowe z funduszy pomocowych ISPA i z Funduszu Spójności.

Reasumując wskazać należy, że zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 23 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych zwolnione od podatku dochodowego są dochody uzyskane przez podatników od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych, pochodzące ze środków bezzwrotnej pomocy. Jak więc wynika z treści przepisu, prawo do zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych przysługuje jedynie podmiotom, którym bezpośrednio służy przekazana pomoc. Jeżeli natomiast bezpośredni beneficjent zleci wykonanie zadania, na które przeznaczone są bezzwrotne środki innemu wykonawcy, w tym również osobie fizycznej, to dochody osoby prawnej czy fizycznej, wykonującego zlecenie nie będą korzystać ze zwolnienia, o którym mowa we wskazanym wyżej przepisie.

Również w wyroku z dnia 7 grudnia 2007 r., sygn. akt III SA/Wa 1727/07 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie orzekł, że w przypadku bezzwrotnej pomocy z Unii Europejskiej ze zwolnienia w podatku dochodowym nie może skorzystać podmiot, któremu dystrybutor środków zleca wykonanie zadań. W tej sprawie spółka podpisała umowę na przeprowadzenie szkoleń dla polskiej administracji. Szkolenia były w 100%. finansowane ze środków unijnych. Spółka twierdziła więc, że uzyskane dochody z programu przejściowego PHARE są zwolnione z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 23 u.p.d.o.p. Organy podatkowe uznały jednak, że spółka nie może skorzystać ze zwolnienia, ponieważ środki te nie mają charakteru bezzwrotnej pomocy przyznanej spółce.

W skardze do sądu spółka podkreślała, że jest faktycznym beneficjentem oraz bezpośrednim odbiorcą tych środków. Instytucje administracji publicznej, których pracowników szkoli spółka, są jedynie odbiorcami usług.
Sąd oddalił skargę. W uzasadnieniu wyroku podkreślił, że ze zwolnienia przewidzianego w art. 17 ust. 1 pkt 23 u.p.d.o.p. nie może skorzystać podmiot, któremu dystrybutor środków zleca wykonanie określonych zadań. Beneficjentem jest instytucja administracji publicznej, na rzecz której spółka świadczy szkolenia. W konsekwencji sąd stwierdził, że organy prawidłowo zinterpretowały art. 17 ust. 1 pkt 23 u.p.d.o.p., ponieważ kto inny był beneficjentem, a kto inny wykonawcą. Spółka uzyskała natomiast wynagrodzenie za szkolenie pracowników.